La formation à l’IUDI repose sur le système Licence – Master – Doctorat et sur la professionnalisation des enseignements. Elle combine la théorie et la pratique et repose à la fois sur la foi et la raison. Basés sur l’autoformation, le tutorat et la collaboration, les enseignements sont hybrides et combinent un volet « formation à distance » qui représente 90% des activités de formation, et un volet « formation en présentiel » qui représente 10% des activités de formation. Le volet « formation à distance » se fait via un dispositif de formation intégré dans la plateforme Moodle. Quant au volet « formation en présentiel », il est organisé annuellement sous forme de cohorte. Au cours de cette cohorte, les étudiants et les enseignants se retrouvent pour approfondir les compétences acquises à distance, organiser des évaluation, des soutenances des mémoires et thèses, des séminaires, des conférences ainsi que des activités culturelles et sportives. Les pays suivants sont des lieux possibles pour la tenue des cohortes : Bénin, Burkina Faso, Cameroun (campus principal), France, Madagascar, Sénégal, Tchad, Tunisie, RCA, RDC, USA (siège international).

Dès son inscription, le candidat se voit attribuer un tuteur, un moniteur ou un directeur de recherche. Un service d’orientation et de tutorat est disponible pour accompagner les nouveaux étudiants dans leur formation. Ceux de Master et de Doctorat peuvent proposer un Directeur pour leurs travaux de recherche. L’IUDI examinera cette proposition en tenant compte des compétences académiques de l’intéressé et de sa perception de la vision de l’institution. En plus du Directeur, deux autres professeurs constitueront le comité de thèse du candidat au Doctorat, qui l’accompagnera jusqu’à la défense de sa thèse.